三年来，研究所推动各类资源向学科聚集，提高学科体系的系统性、先进性和前瞻性，与世界接轨。形成了优势学科、特色学科、新兴学科和前沿学科等四个领域相对分离又互补的发展布局。其中，农产品检测技术与装备、追溯与真实性识别、饲料质量安全检测与评价等方向成为引领性的优势学科；污染物毒性评价、评估技术与预警、标准与标准物质等方向成为培优的特色学科；农产品中化学残留、生物污染及环境污染物行为与控制等方向成为培植的新兴学科；同时，建立并加强了食品组学、营养功能评价等方向的支持，成立了专门的团队，培育与世界相接轨的前沿学科。