近三年来，拓展了3个国际交流新平台，合作项目不断深化，合作交流不断深入，研究所国际地位和知名度显著提升。

　　研究所以与荷兰瓦赫宁根大学食品安全研究所的合作协议以及欧盟“地平线2020”计划CONFUCIAN项目为契机和基础，建设了持久性有机污染物（POPs）联合研究中心。

　　与国际原子能机构（IAEA）建立了IAEA食品安全与质量协作中心。

　　与美国安捷伦科技公司共建了农产品质量安全新技术研发联合实验室，联合开展了牛奶中100余种药物残留国际协同方法开发。

　　此外，研究所也积极争取国际合作项目。2017-2019年共申报了科技部国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项中欧政府间合作项目、国际原子能机构项目、联合国粮农组织（FAO）项目等共计13项。