秘鲁涉及食品卫生、安全监管的部门主要有国家农业卫生服务局（SENASA），秘鲁渔业技术局（ITP），秘鲁卫生部下属的环境卫生司（DIGESA）。

1、负责农产品卫生监督管理的是国家农业卫生服务局 （SENASA）。该局是农业部下属的公共机构，具有技术、管理、经济、财政独立权，是秘鲁在农业卫生方面的官方和权威机构。该局有一套动植物卫生监督体系，可以保护国家免遭非本国病虫和疾病的侵害。同时，还有对进口动植物疾病的检验检疫体系。

2、负责水产品卫生监督管理的机构是秘鲁渔业技术局 （ITP），该所是隶属于国家公共部门的行政机构。该所的主要任务是探索利用渔业资源的最佳方式、指导高附加值产品的开发，提高渔业和水产业活动的健康卫生条件。

3、负责食品安全监督管理的政府部门为秘鲁卫生部下属的环境卫生司（DIGESA）。该司负责食品安全等方面的管理和指导。该司下设四个处，分别是基础卫生处、生态和环境保护处、食品卫生和动物传染病处和职业健康处。

食品卫生和动物传染病处业务主要是在食品、饮料和对动物传染病的预防的卫生技术层面上进行指导规范， 并监管用于市场流通的居民消费和出口的食品和饮料的卫生质量与无害性， 以预防通过食品和动物传染的疾病以及保护人的健康。其行政职能主要有以下四项：（1）审核市场化食品的卫生注册。（2）审批食品加工工厂的卫生许可。（3）发放卫生证书和自由销售证书。（4）对市场流通食品进行监督和检举。其中，卫生注册是国内或国外食品和饮料进入秘鲁市场流通销售的必要手续。卫生监督具体是在初级生产到终端消费整个链条中分析、评估、控制食品的卫生条件。

另外，环境卫生司下属的全国食品卫生规则制定委员会负责将世界贸易组织的相关食品卫生规定当地化并加以应用。