秉持“走出去，请进来”和“以我为主，为我所用”的指导原则，中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所已与包括联合国粮农组织、国际原子能机构等国际组织、美国农业部农业研究局、荷兰瓦赫宁根大学、新西兰奥塔哥大学、德国联邦风险评估研究所等在内的二十多个科研机构通过联合申请项目、举办国际研讨会、开展南南合作能力建设、合作研究、共同建设科技合作平台等灵活多样的合作模式，积极在优势领域开展科研合作与交流，以期提升研究所科研水平，促进学科建设，培养国际化科研人才和团队，提升研究所学术科研的国际影响力和知名度。