依托于质标所的农业部农产品质量安全重点实验室是由农业部设立的“农产品质量安全学科群”综合性重点实验室，下设7个专业性重点实验室，主要负责凝练学科群重大科学问题和中长期科研目标，制定学科群工作规则和工作计划，牵头开展科技创新活动，组织人才培养和国际合作与交流，其主要研究方向包括：

   农产品质量安全检测与评价技术：开展农产品中农药残留、兽药残留、重金属及持久性污染物、生物毒素检测技术研究，农产品质量安全溯源、真实性识别和功能成分评价技术研究；

  农产品质量安全风险评估与预警技术：开展农产品质量安全风险评估方法与共性技术研究，农产品关键危害因子风险监测与评估，农产品质量安全风险预警与对策研究，农产品中有害物质限量标准研制；

  农产品质量安全过程控制技术：开展农产品质量安全产地及源头治理技术研究，农产品中污染物代谢规律及消减技术研究，农产品中污染物全程防控技术研究，农产品质量安全过程控制技术集成与示范；

  农产品质量安全管理及技术支撑体系：开展农产品质量安全管理体系与政策法规研究，农产品质量安全信息分析预测及管理研究，农产品技术性贸易措施研究，农产品质量安全标准体系及标准物质研究；

  饲料质量安全检测与评价：开展饲料质量检测与评价技术研究、饲料中违禁添加物、生物危害因子和持久性污染物检测技术研究，饲料安全性评价及其毒理学研究，饲料中危害因子来源、迁移、归趋及生物效应研究。