二十年来，研究所立足保障国家农产品质量安全创新使命,瞄准世界科技前沿和国家重大需求,在农产品质量安全基础理论研究、关键检测技术研发、重大产品创制等方面取得了一批重要的研究成果，为保障我国农产品生产安全、贸易安全和消费安全做出了重要贡献。先后主持承担完成了国家重点研发计划、国家科技支撑计划、科技基础性工作专项、公益性行业科研专项、国家自然科学基金优秀青年基金等国家级项目100余项；以第一完成单位获省部级以上科技奖励17项，其中国家技术发明二等奖1项、神农中华农业科技奖一等奖1项；出版专著(编/译著)40余部；发表水平学术论文700余篇；授权发明专利160余项。

学科建设

2003年，中国农业科学院决定建立农业质量标准与检测学科，并纳入九大学科群进行重点建设。建所伊始,研究所将检测技术、风险评估、农产品质量安全管理政策和信息作为优先发展的领域，为不断深入开展农产品质量安全学科建设奠定了坚实的基础。2012年,中国农科院调整确立了以“学科集群一学科领域一研究方向”为框架的三级学科建设体系，质量安全与加工为八大学科集群之一。

2013年,中国农业科学院启动实施科技创新工程,研究所根据在农产品质量安全研究方面的特色和优势，对学科方向和重点领域进行梳理,凝练了农产品质量安全风险评估、农产品质量安全检测技术、畜产品质量安全控制与溯源、饲料质量安全检测与评价、农业标准物质、农产品品质评价与控制、农产品质量安全政策与信息研究等重点领域。